Makedonija se nahaja na stičišču dveh glavnih klimatskih con mediteranske in kontinentalne.
Občasno, veter mine gorske ovire na severu in jugu in prinese izrazito kontrastne vremenske razmere; en primer je hladen severen veter znan pod imenom »Vardarec«.
Spremenjena mediteranska klima v Makedoniji
Zastopljena je v kotlini Gevgelija – Valandovo, kotlinah okrog Dojrana in na območju Strumica – Radoviš. Hkrati se lahko razširi bolj severno k Skopju, po toku reke Vardar.
Za to podnebje so značilne dolga in suha poletja, ter blage in deževne zime. Sezone spomladi in jeseni niso prav opazne. Jesen je daljša in toplejša, spomlad pa krajša in bolj hladna. Povprečna temperatura v najbolj vročem mesecu – juliju znaša okrog 25° С. Najtoplejši kraj v deželi je Demir Kapija s poletno temperaturo ki lahko doseže tudi 40° С. Povprečna temperatura v najbolj mrzlem mesecu – januarju je relativno visoka in znaša do 3° С.
Povprečna letna količina deževnih padavin na območjih s spremenjeno mediteransko klimo je precej niska. Povprečna letna količina padavin po dolini reke Vardar znaša manj kot 500 mm in je to ena najbolj sušnih regij v deželi. V drugih območjih s spremenjeno mediteransko klimo, povprečna količina padavin znaša 600 – 750 mm. Snežne padavine v teh območjih so dokaj redke.
Gorska klima v Makedoniji
Zastopljena je na visokih gorskih regijah v Makedoniji. Za njo so značilne dolge in snežne zime, ter kratka in hladna poletja. Pomlad je hladnejša od jeseni.
Temperatura v gorski klimi opada z rastom nadmorske višine. Zato so najnižje temperature na najvišjih gorah. Šar Planina recimo ima povprečne temperature pod ničlo štiri meseca v letu, podobne je tudi v drugih visokih gorah.
Najbolj hladni meseci so januar in februar, najtoplejši pa julij in avgust. Vendar se tudi v toplejših mesecih lahko zgodijo velike klimatske spremembe in celo snežne padavine.
Kar se tiče količine padavin, regije z gorsko klimo imajo največ padavin v deželi, z obilico dežja in snega, čez 1.000 mm. Količina padavin se zmanjšuje v smeri vzhoda in v vzhodnem delu države znaša 600-700 mm. Povprečno obdobje ko se sneg odbrži na gorah je od novembra do aprila, vendar na višjih gorah sneg lahko ostane celo do konca maja.
Zmerna celinska klima v Makedoniji
To je najbolj značilna klima za Republiko Makedonijo, ker pokriva največji del Makedonije. Za njo so značilne relativno hladne in vlažne zime, ter topla in suha poletja. Spomlad je bolj hladna od jeseni.
Obstajajo razlike med povprečnim temperaturam v regijah zmerne celinske klime. To je posledica razlik v zemljepisni širini regij, v nadmorski višini itn. Povprečna temperatura julija je najvišja v kotlinah na Ovčem Polju, v Kočanih in Skopju. Povprečna temperatura januarja je najnižja v Maleševski kotlini.
Letna količina padavin se prav tako razlikuje in sicer od 490 mm v ovčepoljski kotlini do 760 mm v prespanski kotlini. Razen dežja in snega, v teh regijah je opazna tudi toča.